将干黄豆用水完全泡发，黄豆最好选用新鲜非转基因的小粒黄豆。已经试验黑豆、青豆均可，据资料玉米、花生也可以做纳豆，豌豆好像不行把黄豆加水煮熟至手指一捏即碎的状况，把黄豆滤干。
趁热将黄豆装盘或者装保鲜盒，上覆保鲜膜，保鲜膜扎透气孔，放温暖处保温2天左右（可放酸奶机，或用热水袋加温，最佳温度是37-38度，比人体温稍高即可) ps.纳豆菌是嗜氧菌，所以黄豆最好装盘，厚度不宜太厚，一般控制在2cm左右。待黄豆之间长满白膜并逐渐变透明即可，将做好的纳豆先放入冰箱内低温熟成数小时以后再食用或冷冻长期保存。
长期保存可分包成1次食用的分量放冰箱冷冻，解冻最好冷藏或者室温解冻，不宜微波炉加热以最大保存纳豆菌活性。
做好的纳豆可随喜好加入各种调味剂食用，生抽、芥末、辣椒酱、葱姜蒜、香油均可。也可冲成热汤喝。但为保证纳豆酶的活性最好不要加热食用。食用前记得要先多多搅动豆子形成菌丝后再调味，否则纳豆不够粘稠会变得湿哒哒的。
