1、分辨率不一样，因为任何电磁波在经过一个和他波长差不多的物体都会衍射，影响成像质量，电子显微镜波长比可见光短，也就分辨率更高。
2、光学显微镜用可见光照明，电子显微镜以电子束为成像源，二者主要的区别在于：1）成像源不同；2）透镜不同；3）成像原理不同；4）标本制备方法不同。
3、由于电子束的波长远远小于可见光的波长，所以即使电子束的锥角仅为光学显微镜的1%，电子显微镜的分辨本领仍远远优于光学显微镜。
4、电子显微镜发射源是电子束或离子束，普通光学显微镜使用的是光源发射出来的光或镭射。
普通光学显微镜使用的是特殊玻璃制的透镜，利用光学原理改变光的行进;而电子显微镜使用的是磁透镜，利用磁场改变电子束。
普通光学显微镜的最大倍数一般在1000～2000倍，解析度一般在0.1um~0.25um左右;而电子显微镜的解析度一般都在0.01nm~0.4nm左右。
普通光学显微镜可在一般大气压下使用;而电子显微镜一般都需在样品室处于真空时使用。
普通光学显微镜受到光学的限制仅能用于观测鉴定被测物体;而扫描电子显微镜可配合其他仪器，如能谱、波谱等仪器使仪器等等讲起应用到很多领域。
工具显微镜上所述，发射源不同;透镜不同;放大倍数和解析度不同;使用环境不同;应用的领域不同。
