大蒜细胞中的含有较多的含硫类生物活性物质，这些含硫化物在蒜酶的作用下，可生成硫代亚磺酸脂、丙烯基硫代亚磺酸脂、烯丙基硫代亚磺酸脂等大蒜色素的物质前身。这些物质经过一系列的反应进而生成大蒜色素。通常，最初形成的为蓝色素（有叫蒜兰素）, 蓝色素不稳定逐渐转化为黄色素（有叫蒜黄素）, 两者共存使蒜呈现绿色, 最后蓝色素全部转化为黄色素。
变蓝的大蒜不影响食用，也不存在食用安全问题。但专家提醒，任何食物都有一定的保鲜期，在食物保持完整的情况下，保鲜期相对较长，所以食物还是现吃现做好。这样不但能保证食物味道鲜美，也能保证营养成分和食用的安全性。
