种子经营许可的期限是指《种子经营许可证》的有效期。农业部《农作物种子生产经营许可证管理办法》规定，种子经营许可证的有效期限为5年。有效期限自许可证上注明的发证日期开始计算。颁发许可证之前和许可证失效以后，都不再拥有该种子经营许可的权利。
种子经营许可证期满后需申领新证的，种子经营者应在期满前3个月，持原证重新申请。重新申请的程序和原申请的程序相同。虽然在有效期内，但是由于条件变化，不再具备种子经营规定的条件，发证机关可以收回种子经营许可证，许可经营的权利自动消失。因违法经营，发证机关也可以吊销种子经营许可证。
