首先是水源不好解决。
在水稻田里养鱼，那第一个要解决的就是水源问题了，水太浅了那鱼就活不了，而水深了的话，这样对于水稻的生长是不利的。在南方虽然大部分地区的水稻田都有水源，但是也不是一直都有水来。像很多的水稻田都是从水渠、河流引水来灌溉的。可是水渠的水也是按照用水需要来送水的，大部分时间都是没水的。如果没有水，尤其是遇到干旱的时候，那就麻烦了。
其次，水稻田养鱼不方便施肥和打农药。
在过去有些农民尝试水稻田养鱼，当时很少使用农药、化肥这些，所施肥都是农家肥，而农药也很少。养鱼确实创造了条件，但是现在不同了，种田种地都是使用化肥和农药了。可是稻田里面养鱼，在施肥和打药的时候就比较麻烦了，如果用量控制不好，那就会导致水田里面的鱼中毒身亡。而用量少了，可能水稻的病虫害又较严重。所以看似水稻田养鱼很简单，但是操作起来比较麻烦，搞不好水稻和稻花鱼双双减产严重。
