简单地说，化肥主要弥补了自然界氮磷钾的不足，但是同时会带来污染环境，土壤肥力下降之类的问题。而农家肥虽然效力上比不过化肥，但是是绿色肥料。
一、农家肥可以全面供应作物生长所需的养分。化肥的特点是养分含量高，肥效快而持续时间短，养分较单一；农家有机肥大多是完全肥料，但养分含量低、肥效慢而持续时间长。因此，将化肥与农家肥混合施用可取长补短。
二、农家肥可以减少养分固定，提高肥效。化肥施入土壤后，有些养分会被土壤吸收或固定，从而降低了养分的有效性。若与农家肥混施后，就可以减少化肥与土壤的接触面，从而减少被土壤固定的机会。
三、农家肥可以积蓄养分，减少养分流失，改善作物对养分的吸收条件。化肥溶解度大，施用后对土壤造成较高的渗透压，影响作物对养分和水分的吸收，这就增加了养分流失的机会。
四、农家肥可以调节土壤酸碱性，改良土壤结构。农家肥料可以提高土壤的缓冲能力，调节酸碱性，使土壤酸性不致增高。
五、农家肥促进微生物活动，增加土壤养分，提高土壤活力。农家肥是微生物生活的原料，化肥供给微生物生长发育的无机营养。两者混用就能促进微生物的活动，进而促进有机肥的分解。
