清朝沿用明代内阁制，但内阁受制于议政王大臣会议，只是转达表章的机构，大学士并不入阁办事。
南书房、军机处的兴起
康熙时，议政王大臣会议的权力被大部剥夺，决策多由南书房作出。康熙于大臣中简任若干入值南书房，参与机务。但南书房不是正式机构，也不能行文或指挥其他衙门。
雍正时设“军机处”，有军机大臣三人至六人、军机章京若干人，成为权力中枢，皇帝的诏令多由军机处发出。但有清一代，正式诏书等均以内阁名义拟出，臣下正式奏章也递交内阁，所以内阁仍是清代名义上正式的宰相机构。
三殿三阁大学士
保和殿大学士傅恒
大学士的名称前要改加殿、阁衔，数目为六人。最初明朝大学士共“四殿”、“两阁”。四殿者，中极殿大学士（原为华盖殿），建极殿大学士（原为谨身殿），文华殿大学士，武英殿大学士。两阁者，文渊阁大学士，东阁大学士。清朝称“中和殿大学士”、“保和殿大学士”、“文华殿大学士”、“武英殿大学士”、“文渊阁大学士”、“东阁大学士”。
乾隆年间改“中和殿大学士”为“体仁阁大学士”，成为“三殿三阁”。
从品级上讲，大学士都一样，均为正一品，实际地位会有些许差别。在裁撤中和殿大学士之后，诸殿阁大学士中，以保和殿为最尊贵，一般很少人能得到。在乾隆十三年裁撤中和殿之后，得到保和殿大学士的有傅恒，自傅恒乾隆三十五年死后至清亡，就再没有人得到保和殿大学士。
在六个名号的大学士中，在乾隆十三年裁撤中和殿之前，其地位顺序从高到低为：中和殿、保和殿、文华殿、武英殿、文渊阁、东阁。后来变成：保和殿、文华殿、武英殿、文渊阁、东阁、体仁阁。大学士的迁转也大多按从体仁阁至文华殿这样的顺序迁转。当然并不一定要从体仁阁开始作为起步。
清代的殿阁大学士刚开始还有中和殿，其地位还在保和殿之上。有清一代授予中和殿大学士的也只有觉罗巴哈纳、金之俊、图海、巴泰四人。自康熙二十年图海死后，至乾隆十三年裁撤中和殿，未有人增补为中和殿大学士。撤中和殿后，增加体仁阁，形成三殿三阁对称的局面。
大学士是可以空缺的，不一定要六个全授满，而且从实际情况上看，四个大学士的情况最常见。
主要官吏及其执掌
大学士：满、汉各二人，正一品，掌钧国政，赞诏命，厘宪典，议大礼、大政，裁酌可否入告。修实录、史、志，充监修总裁官，经筵领讲官，会试充考试官，殿试充读卷官，春秋释奠，摄行祭事。
协办大学士：满、汉各一人，尚书内特简。从一品，辅佐大学士；
学士：满洲六人，汉四人，从二品，掌敷奏；
侍读学士：满洲四人，蒙、汉各二人，从四品，掌典校；
侍读：满十人，蒙古、汉军、汉各二，正六品，掌勘对；
典籍：满、汉、汉军各二人，正七品，掌出纳文移。内阁，为典掌丝纶之地，自大学士以下，皆不置印，惟典籍置之，以钤往来文牒。
中书：满洲七十人，蒙古十六人，汉军八人，汉三十人，正七品，掌撰拟、繙译。
贴写中书：满洲四十人，蒙古六人。
重要更动年表
天聪二年
※建文馆，命儒臣分直
天聪十年
※更名为国史院、秘书院、弘文院三院，号称内三院。始亦沿承政名，后各置大学士一人。
顺治元年
※置满、汉大学士，不备官，兼各部尚书衔，满员一品，汉员二品。
※置学士满、汉军各三人，汉学士无员限，满员二品，汉员三品。
※置侍读，满洲十一人，其中清文五人，清汉文六人，蒙古、汉军、汉各三人
※置典籍，满、汉、汉军各三人
※置中书，满洲七十五人，蒙古十九人，汉军十三人，汉三十六人
顺治二年
※定为正二品衙门，翰林院并入，以翰林官分隶之。三院上并加“内翰林”字。
顺治八年
※置侍读学士，满、蒙、汉军各三人，兼太常寺卿衔，寻罢。
顺治十年
※置三院汉大学士各二人
顺治十五年
※改内三院为内阁，别置翰林院官，以大学士分兼。殿阁曰中和殿、保和殿、文华殿、武英殿、文渊阁、东阁
大学士，满员改与汉同（正二品），仍兼尚书
※学士，满汉员并改正五品，兼礼部侍郎者正三品
顺治十八年
※复三院旧制，废翰林院
※侍读学士，满洲增二人，蒙古增三人
康熙九年
※仍别置翰林院，复改三院为四殿二阁
※大学士，置满、汉共四人
※侍读学士，增满洲四人，余改置二人
※学士，满洲改置二人，
※侍读，蒙古、汉军各置二人，裁汉缺
※典籍，改为满、汉、汉军各二人
康熙十年
※学士，满洲增四人，以后即保持为六人。汉军、汉改置各二人
康熙十一年
※学士，汉增二人
康熙十二年
※学士，并汉军缺入汉缺，以后即保持为四人
康熙三十八年
※侍读，裁清文一人，裁清汉文二人。寻复增二人，以后即保持为十人
※中书，裁满洲、汉军各五人，裁蒙古三人，裁汉四人
康熙六十一年
※初授协理大学士事，为协办大学士的前身。
雍正三年
※侍读学士，定从四品
雍正四年
※侍读，汉置二人
雍正七年
※协办大学士，礼部尚书陈元龙、左都御史尹泰特授额外大学士。
雍正八年
※大学士，满汉员并定正一品
※学士，满汉员并定从二品。后皆兼礼部侍郎衔
雍正十年
※以青海告警，设军机处，内阁之权渐轻
※置协办大学士，厥后多至六人，少或一二人
乾隆十三年
※始定大学士、协办大学士员限，省中和殿，增体仁阁，以三殿、三阁为定制，唯保和殿不常置。嗣后授保和者止傅恒一人
※中书，裁汉三人
乾隆十七年
※侍读学士，裁汉军缺，只保留汉缺
乾隆五十八年
※大学士停兼尚书衔
宣统三年
※改组内阁，别令大学士序次翰林院
