创建于隋代，屡兴屡废，且数易其名，清初重建为行宫。相传高旻寺创建于隋代，屡兴屡废，清初重建为行宫。顺治八年（1651），两河总督吴惟华于三汊河岸筹建七级浮屠，以纾缓水患，名曰“天中塔”。（1654）秋塔成，复于塔左营建梵宇三进，是为“塔庙”。康熙帝于三十八年（1699）三次南巡莅扬，见天中塔倾圮，欲颁内帑修葺，为皇太后祈福。江宁织造曹寅、苏州织造李煦倡两淮盐捐资报效，大加修缮并扩建塔庙。四十三年（1703）康熙帝四次南巡，曾登临寺内天中塔，极顶四眺，有高入天际之感，故书额赐名为“高旻寺”。次年又御制《高旻寺碑记》，颁赐内宫药师如来脱沙泥金宝像，寺内建金佛殿及御碑亭供奉。其后曹寅等于寺西创建行宫，十分规模数倍于寺。
康熙五、六次南巡，乾隆首次南巡，均曾驻跸于此。
