1、隶属层次不同，存在职权差异。
县政府由地级市政府或行署直管，而县级市一般由省政府直管、地级市政府代管。由于隶属层次的不同，县级市政府的行政管理权限比县政府会大一点，常常拥有“副地级市”的审批权。省里会给县级市一些优惠政策，例如财政周转金每年增加拨款200万元以上。
2、城市化进程不同，职能重点相互区别。
县政府的职能重点放在乡村，县改市后城市化进程加快，县级市政府职能必须同时考虑城区、乡村管理，并且要注重协调城乡关系，其中重点之一就是城市建设，这是与县政府职能重点区别之处。县级市普遍加大城市建设力度，从各个方面入手，达到高标准的城市建设。
3、市与县名称不同，衡量政府效能的标准不一样。
县改市后，衡量政府工作效能的标准更高了。一是省、地级市政府对县级市政府的要求比对县政府的要求更高，并且，机构改革的试点也往往放在县级市。二是市民对市长形象要求比对县长形象要求更高，市长形象是市民对市长以完整的要求和标准衡量所得的总体印象和评价。
