1、大学的校区不同。中山大学分为中山大学南校区、中山大学北校区、中山大学东校区、中山大学深圳校区、中山大学珠海校区；而中山大学珠海校区只是中山大学的校区之一。
2、创建时间不同。中山大学始建于1924年，原名国立广东大学，为孙中山先生整合广东高等师范学校、广州公立法科大学、广东公立农业专门学校后所创设；而中山大学珠海校区建于2000年。
3、直属单位不同。中山大学由中华人民共和国教育部直属，中央直管副部级建制，是教育部、国家国防科技工业局和广东省共建的全国重点大学；而中山大学珠海校区是中山大学的直属单位，归中山大学管理。
