一是面对人群不同：职保主要面向有工作单位的就业在职职工，还有灵活就业人员，比如从事个体、自由职业者和其他灵活从业人员。居保主要面对具有城镇户籍（农业户籍）的没有工作的居民、低保对象、重度残疾人、学生儿童及其他城镇非从业人员，比如一老一小、大学生医保等。
二是缴费标准及来源不同：职保由用人单位和职工个人共同缴纳，建立劳动关系后必须缴纳的法定义务，但一般不享受政府补贴。居保参保由个人自由选择，非强制性，缴费标准总体上低于职保，但在个人缴费基础上政府给予适当补贴；
三是待遇标准不同：职保的待遇标准高，待遇范围广，覆盖五个险种养老、医疗、失业、工伤、生育，退休金高、医疗报销比例高，生育也可报销。居保由于筹资水平较低，待遇标准总体上略低于职保，且不享受生育报销待遇。
四是缴费要求不同：职保设立最低缴费年限，缴费累计15年，达到退休年龄可享受退休待遇，医疗保险达到缴费年限(男25年、女20年)的，退休后不再缴费即可享受基本医疗保险待遇；居保不设立最低缴费年限，达到退休年龄即可办理退休，按照每年缴费的金额和缴费时长决定，居民医疗保险必须每年缴费，不缴费不享受待遇。
