碱基互补配对原则（The principle of complementary base pairing）是碱基间的一种一一对应的关系，在DNA或某些双链RNA分子结构中，由于碱基之间的氢键具有固定的数目和DNA两条链之间的距离保持不变，使得碱基配对必须遵循一定的规律，这就是Adenine（A，腺嘌呤）一定与Thymine（T，胸腺嘧啶），在RNA中与Uracil（U，尿嘧啶）配对，Guanine（G，鸟嘌呤）一定与Cytosine（C，胞嘧啶）配对，反之亦然。碱基互补配对原则实际应用于利用双脱氧核苷酸进行DNA测序。
