大约十二至十三个部门。除了办公、人事、计财科等内部行政科室外，一般有生产科技科、兽医站、畜牧站（有时是和生产科技科合并办公）、动物检疫所（有的地方也称兽医卫生监督检验所，有的基层与兽医站合并办公）、饲料兽药监察所（有的地方分设）、畜牧兽医检测中心（县级畜牧局技术条件相对差，一般设立为化验室）等。
科室站所一般都是各地根据当地畜牧业发展情况内部自行增删改动，但大体不脱离这个框架。乡镇畜牧部门一般不再设局而是设畜牧兽医站，统一行使畜牧兽医执法、技术服务等相关职能。生产科技科和畜牧职能相近，多是行使畜牧法和草原法、种畜禽管理条例赋予的各项职能及科技推广服务、畜牧生产加工扶持政策贯彻等，兽医站和动物检疫所一般行使动物防疫法赋予的动物防疫和检疫职能，其他科室站所可以根据名称以此类推。农产品质量安全法一般由各科室站所根据各自职能分散贯彻
