第一、贡木和檀香的香味不同。贡木的香味是淡香型，产自巴布亚地区的贡木香味更淡，似有若无，前期是酱香类似黄花梨中的紫油梨，后期会转化出果香混合香，可以用手焐热或是放置在太阳下晒后，香味会稍微浓郁。而檀香的香味是清香中带了一丝甜，清新淡雅，比较持久。
第二、贡木和檀香的结香时间和方法不同，贡木结香是其树木倒架，即死后，经过几十年到几百年才会结香，因为其结香特性当地人又称其为永生木，檀香的结香方式为在其树木生长过程中，因被虫咬或受外界伤害而结香，在木材生长半年到二十年就会结香。因此目前市面上的沉香大多是在人为干预下而结香，但贡木不行。
第三、贡木和檀香的花纹不同。贡木的表面有着龙鳞、火焰、星空等花纹，非常漂亮，因为可以支撑手串盘玩，而檀香树皮灰暗，表面平滑，更多的是用来品香。
