第一部就是讲主人公托马斯和一群记忆被清除、同样被送到迷宫里的小伙伴们合力逃出迷宫。
第二部里主人公等人原以为逃离了设置迷宫的灾难总部，结果发现原来还是在其掌控中。当时地球受太阳的影响，回归线内地区已经不能生存人了，而且人造病毒的传染使大部分人得了闪焰症，人变得十分疯狂。
灾难总部拿主角们做实验，设置一系列变量，企图构建蓝图，找出治疗方法。在第二部里挑战升级，他们要穿越焦土区，和闪焰病人斗争。
第三部，主角才知道他们这些人对病毒免疫，所以灾难总部才费尽心机抓他们做实验。主角决定反抗，和朋友们逃离灾难总部。最后为了救其他被灾难总部抓去的人，来了场直接对抗，最终逃离开始新生活。
