在黄鳝体内较常见的寄生虫是棘头虫和线虫。它们寄生于黄鳝体内,和黄鳝抢夺营养,同时大量寄生的棘头虫往往破坏肠壁阻塞肠道,引起黄鳝肠道发炎甚至造成死亡。
线虫经常钻过黄鳝的肠壁,破坏黄鳝的其它器官,引起内脏器官发炎、出血,严重的常常导致黄鳝死亡。