主要原因有3点：
一、暴雨集中，连续恶劣的天气影响
自1998年6月起，大暴雨、大雨就连着下了一个月都不停，鄱阳湖、洞庭湖水位急剧上升，并且开始超出警戒水位。
1954年，长江的蓄洪量为400多亿立方米。1998年时，蓄洪量仅有100亿立方米，有效蓄洪量50亿立方米。1998年的特大洪水量约为100亿立方米，所以长江无法容纳如此多的蓄洪量，导致洪水泛滥，沿江阻挡不了。
二、自然蓄洪，河湖调节功能减弱
建国以后，随着人口的增长，长江上游地区的原始森林和植被遭到严重破坏，滥砍滥伐行为频繁。再者就是围湖造田，长江中下游地区大量湖泊被填平造田，湖泊的蓄水调节功能丧失，大量行洪洲滩被占用。第三是一些水利设施的建设，不合理的水利工程破坏了江河的自然生态功能，加剧了洪水灾害。
三、大坝地形，九江大坝地形特殊
九江地理位置特殊，长江进入九江段后进入了“地上河”模式，九江地形较高，大坝修建起来时高出了周边的城镇很多，这种地形类似于黄河。大洪水来后，大坝抵挡不住洪水击，最终漫过大堤、冲毁城镇
四、人为因素，大坝修建存在的问题
除了自然因素外，人为因素也是重要的原因之一。新修的大堤，在洪水来临时抵挡不住洪水
在当时讲究速度、赶超发展的思想下，工程并未能保质保量，在大坝设计、建造上存在一些问题。在1954年时，长江的蓄水能力能达到400亿立方米，为何到了1998年还不足100亿立方米了？除了自然生态的破坏外，不合理、不科学的水利工程建设非但没有起到作用，反而破坏了自然的调节能力。
