明代的皇室对佛、道采取抑制、约束政策，对全真道支持较少，在此情势下，统一的全真道渐次分解成诸多支派。
主要的有“七真派”，即宗祖马钰的遇仙派，宗祖谭处端的南无派，宗祖刘处玄的随山派，宗祖丘处机的龙门派，宗祖王处一的嵛山派，宗祖郝大通的华山派，宗祖孙不二的清静派等。
另外，又有一些全真道士分别组成“五祖派”，即宗祖王玄甫的少阳派，宗祖钟离权的正阳派，宗祖吕洞宾的纯阳派，宗祖刘海蟾的刘祖派，宗祖王重阳的重阳派以及张三丰开创的武当派等。
其中的全真武当派则得到了明朝以永乐皇帝为代表的大加推崇。它们的形成时间，最早在明代中后期，多数在明后。
