主人公哈宝生活在空岛的一个树屋里。他有本船长日记——不过因为不识字,他对日记的内容一知半解。另外,由于他的童年记忆与幻想交织在一起,使得这本日记的真实来历也变得扑朔迷离,但他一直固执地坚信自己是伟大冒险王巴沙洛缪的儿子。他的梦想就是有一天成为一个伟大的探险家,并找到自己的爸爸。
在实现自己梦想的过程中,哈宝先后结识了善良憨厚的渔村小孩喜八、知识渊博的村长的孙子扣子、性格泼辣的小机械师米露、经验丰富个性幽默的汉堡大副……哈宝和伙伴们先后经历了巴别湖探险、空岛遗迹解密、魔法森林历险、冰川遇难、水泽国奇遇等惊险有趣的冒险之旅,在这个过程中,那本船长日志的来历和秘密也渐渐清晰……
另一方面,海盗黑胡子迪奇和基德等人也对船长日志虎视眈眈。因为据说,得到了船长日志,就可以拥有伟大的冒险王宝藏、拥有征服世界的力量