1、定义不同
羟基：是一种常见的极性基团。羟基主要分为醇羟基，酚羟基等。
羧基：是有机化学中的基本化学基，所有的含有羧基的有机酸物质都可以叫羧酸，由一个碳原子、两个氧原子和一个氢原子组成。
2、化学式不同
羟基：化学式-OH，羟基与水有某些相似的性质，羟基是典型的极性基团，与水可形成氢键，在无机化合物水溶液中以带负电荷的离子形式存在（OH-），称为氢氧根。
羧基：化学式-COOH，如醋酸（CH3-COOH）、氨基酸都含有羧基，这些羧基与烃基直接连接的化合物，叫作羧酸。
3、保护方法不同
羟基：羟基是有机化学中最常见的官能团之一，无论是醇羟基还是酚羟基均容易被多种氧化剂所氧化。因此在多官能团化合物的合成过程中，羟基或者部分羟基需要先被保护，阻止它参与反应，在适当的步骤中再被转化。
羧基：酯化法保护羧基，甲酯和乙酯作为羧酸的保护基对一系列合成操作十分适用。
酯化法保护羧基，叔丁酯不能氢解，在常规条件下也不被氨解及碱催化水解，但叔丁基在温和的酸性条件下可以异丁烯的形式裂去。此性质使叔丁基在那些不能进行碱皂化的情况下特别吸引人。
