继续教育证书只能当年扣除吗

是的，有时间限制的，新个税扣除中继续教育专项附加扣除的扣除范围是在中国境内接受学历（学位）继续教育入学的当月至学历（学位）继续教育结束的当月，同一学历（学位）继续教育的扣除期限最长不得超过48个月。学历（学位）继续教育，为在中国境内接受学历（学位）继续教育入学的当月至学历（学位）继续教育结束的当月，同一学历（学位）继续教育的扣除期限最长不得超过48个月。

技能人员职业资格继续教育、专业技术人员职业资格继续教育，为取得相关证书的当年。