《蝴蝶效应1》共有4个结局（4个版本）：
影片既将结束的时候，又回到了影片的开端：埃文跑进他的医生的办公室（此次改变历史的结果让他的日记不复存在），想通过家庭电影的画面最后一次改变历史。在这里，导演一共安排了四个结尾。
这个是导演版的结局：生命开端时：埃文看到的家庭电影是埃文的母亲即将产下埃文，进入历史的埃文决定自己结束这一切，他用双手掐住了脐带，结束了自己刚要开始的生命，现实的生活中没有埃文，凯莉跟汤米被离婚后的一母亲监护，远离了那个BT父亲，自然也就没有了雷管事件。埃文的母亲后来生了一个女儿，打破了这个只遗传给男孩的能力。其实这个导演版结局才是原本剧本的最终结局，它使为爱而牺牲的主题更显崇高和伟大，而且更为凄美感人。但后来由于新线公司担心这个惊世骇俗的结局里情节和画面会引起部分公众和舆论的不安，因此最后公映时被改为现时剧场版的那个。
剧场版的结局：各自成长、各走各的人生路，是埃文看到的家庭电影是第一次认识凯莉的聚会，回到从前的埃文骂了凯莉，他与凯莉没有成为好朋友，凯莉跟汤米的监护权也由母亲得到。工作后的埃文在街上偶遇凯莉，但却没有相认。
另两个结局也是按剧场版的结局设定的，《蝴蝶效应》剧场版的另外一个结局：尾随（55秒），埃文遇到凯利后，返身去追凯利。
《蝴蝶效应》剧场版弃用的大团圆结局：结识（53秒），是两个人相认。
