货代单是基于船东单，由货代公司自己出具的海运提单(House B/L)。船东单是船公司出的提单(MB/L)也叫主提单，是最基本的物权凭证，任何持有船东单的人都可以在目的港直接向船公司提货。其主要区别在于：
1）收货人提货方面。船东单是具体法律效应的收发货凭证，是货物已装船，便具以在归定的时间内交付货物的凭证。任何持有船东提单的人都可以要求提货。而货代提单，通常是分单。是由货代公司签发的，这种提单不完全具备法律效应的，收货人拿到船东单，必须要到发货人代理在目的港的货代公司换取船东单，再凭船东单到船公司代理那边换取提货单，然后才能提取货物。
2）风险方面。签发货代单的，发货人所发货物的风险由货代公司来承担（船公司来承担货代公司的风险），如果没有相关的运输合同等，出了问题，理赔起来比较麻烦。而出船东单的船公司有责任承担相关的运输风险，船公司的行为有也相关的法律制约。
