二者的区别主要在地理位置、投用时间和价值意义上。
首先是地理位置不同：青茂口岸位于珠海拱北与澳门青州相邻的鸭涌河上，东距拱北口岸约800米；拱北口岸位于中国广东省珠海市香洲区珠海市东南部，毗邻澳门。
其次是投用时间不同：青茂口岸投用时间为2021年；拱北口岸投用时间为1999年。
最后是价值意义不同：青茂口岸的开通进一步推动粤港澳大湾区基础设施互联互通和人员高效便捷流动。同时，青茂口岸的开通为关闸口岸起到分流作用，有效纾缓关闸口岸通关压力；拱北口岸在不断创下旅游流量新纪录的同时，也以自身不断的创新，实现了最为快捷的通关便利，见证了整个特区不断走向开放的荣光。
