1、学科门类不同
生物医学是理科门下的一门学科，注重的是科研研究和医学应用这一方面的。而生物医学工程是工科门类下的一门学科。比较注重实践应用，对于科研方面不太注重。
2、涉及领域不同
生物医学是对生物医学信息，医学影像技术，基因技术，纳米治疗技术等方面的学术研究。生物医学本质是医学，研究的是生物原理下的医学问题。
而生物医学工程是属于工程学科，所以注重的是医学领域的制造业，如：医学制药，医学仪器制造等。生物医学工程是研究医疗设备的，和计算机、电子都有交界。
3、发展时间不同
生物医学的发展较为久远，国内有着比较丰富的教育资源和教育经验；而生物医学工程是一门理、工、医、生物等学科高度交叉而成的一门新兴学科，国内的发展时间还不够，目前正在加速发展中。
4、就业范围不同
生物医学的就业一般是聚集在医学这一领域，但是生物医学工程由于所接受的知识较为丰富全面，所以可选择的就业范围较广，机械制造，智能医疗，仪器研发等工作。
