鼓浪屿原是个渺无人烟的绿洲，又称“圆沙洲”或“圆仔洲”。元末始有人迹，逐步形成半渔半耕的村落。岛的西南端有一个海蚀溶洞的礁石，每当海涛冲击，发声如擂鼓，礁因名“鼓浪石”。留传至今成为胜景，岛也因之得名“鼓浪屿”，并在明代得以正名。
明代鼓浪屿得以开发，1573年日光岩上出现了全岛最早的石刻“鼓浪洞天”。1586年在日光岩创建了莲花庵。1650年郑成功在日光岩安营扎寨，操练水师，留下了“寨门”、“水操台”、“拂净泉”等遗址。明末，陈示京随鲁王由海入岛，协助郑成功起义抗清，其墓葬于鸡母山。
1841年8月英政府舰队攻战鼓浪屿，设炮台于山顶控制厦门。1842年8月，清政府和英国签定不平等的《南京条约》，厦门成为五口通商口岸之一。尔后英、美、西班牙三国相继在鼓浪屿设领事，其他国家则以商人、洋行经理等兼任领事在鼓浪屿活动。
1902年中国政府被迫同日、美、德等签定了《厦门鼓浪屿公共租界章程》，鼓浪屿被列强正式明确为公共租界。英、美、德、日、西班牙、荷兰、奥地利、挪威、瑞典、菲律宾等国都曾在岛上设立领事馆，创办教堂、学校、医院、洋行。 1941年12月，太平洋战争爆发，日本独占鼓浪屿。
1945年8月15日日本无条件投降，鼓浪屿回到厦门人民手中，从此结束了100多年的被奴役的历史。
