人类基因组测序应该是46条染色体都进行测序了，不可能只测一半的，测序技术本身准确性和精确性就不是百分之百，所以不可能只测24条。当年的人类基因组计划样本来自纽约大学的一个白人学生血液样品，具有个体差异性，未必能全面说明人类其他人种的基因组情况，所以现在已经开始了“千人基因组计划”，估计很快即将完成。
你说的等位基因的确不是完全互补的，但差异的碱基很少，不影响它们整体的互补配对。
精子和卵子虽然来自父母但与父母的基因还是有差异的，基因的自由组合定律使然。另外DNA复制时会有一定的突变率，所以下一代不可能与父母基因是一样的。基因和表型之间还有复杂的调控，所以子代和父母的差异就更大了。环境也会调控基因的表达。
