庙岛列岛有港口，即长岛港。
长岛港位于山东半岛北部长岛县南长山岛西岸鹊嘴湾内，西临庙岛，南隔庙岛海峡与蓬莱相望，是长岛县唯一进出岛通道，地理坐标为37°55′20″N，120°43′30″E。长岛县的南长山岛自然岸线长20公里，其中鹊咀湾岸段渔港防波堤至长岛港南边界岸线长1.6公里，现已开发利用1公里，规划为港口岸线。根据《烟台港总体规划》长岛港区以陆岛交通运输和旅游为主，并承担岛屿居民所需生活物资运输。
此外，南长山岛北部的砣矶岛、大钦岛、小钦岛、南隍城岛、北隍城岛等五岛称为“北五岛”，其西部的庙岛、小黑山岛、大黑山岛等称为“西三乡”，以上统称为北西八岛。上述各岛屿因客货运输及旅游需要也建有陆岛交通码头，主要服务于岛屿与岛屿之间以及岛屿与大陆之间的人员物资往来，多为500 吨级泊位，有的已具有靠泊1000 吨级船舶的能力。
