主要区别是，性质不同、行政级别不同、关系不同，具体如下：
一、性质不同
1、市辖区
市辖区，是中国行政区划之一，市辖区的城区为城市市区的组成部分。
2、设区的市
设区的市即设立市辖区的市。
二、行政级别不同
1、市辖区
行政区划级别与县级市、县、自治县、旗、自治旗、林区、特区相同，属县级行政区，由直辖市、地级市管辖。
2、设区的市
设区的市是指地级市，行政地位与地区、自治州、盟相同，属于地级行政区，是建制与地区相同的市，由省、自治区管辖。
三、关系不同
1、市辖区
是设区的市下辖的区。
2、设区的市
管辖市辖区。
