天然水晶清澈透明，常含有云雾状、星点状或絮状气液包体，并往往有微裂纹。此外，天然水晶有偏光性，可见双晶现象，例如水晶球体，从上向下看，会见有双影现象。
人造水晶和天然的水晶区别：
1、人工合成水晶或玻璃制品，体内均一纯净，毫无裂纹，内部往往有小气泡。球体由上往下看，见不到下面线条的双影。用手感识别，可感到合成水晶的比重大于天然水晶；天然水晶有冰凉之感，而玻璃有温感。
2、原石没有六方晶系结晶，一定要借助“紫外线光谱仪”才能分辨真假。市面上最多的是无色透明3的白水晶、紫水晶、黄水晶、以及水蓝色的水晶仿冒品。遇到有争议的水晶矿石时，最好送请公正的第三人，如鉴定所，来鉴定分辨，所费不多，却有专业保障。
3、国际上将二氧化硅（sio2）即石英为原料的产品统称为水晶（crystal），为了便于区分，国际上通常以（Rockcrystal）来特指天然水晶。一般认为，石英玻璃和K9玻璃的产品非常精美，但由于可以大量的复制，因此收藏价值远比不上天然水晶。
