《磨难花开》的结局十分感人，悲喜交加。以下是剧情的详细描述：
最终，田雨亭（周涌 饰）和华晓璐（林心如 饰）重遇，并在一起生活。而赵金海（陈坤 饰）在经历了漫长的牢狱之灾后，归来寻找璐的过程中，不幸遭遇车祸身亡。然而，他的心脏却被移植给了等待器官捐献的女孩。在他临终前，他还特意告诉了雨亭和璐，自己真正爱着的是璐，并祝福他们。
在丛林中长大的孩子汪小菲（林永健 饰）也终于找到了失散多年的母亲，两人团聚了。此外，林家德（张志坚 饰）也终于明白了良心的重要性，放弃了假证事业，从事了教育事业，成为一名好老师。
整部剧情跌宕起伏，既有人性的黑暗，也有闪耀的光芒。让观众感受到生命的脆弱与珍贵，也让人感慨这是一朵美丽的“磨难花开”。
