长州藩为攘夷派,但维新志士众多。萨摩藩为将军派,主张公武合体(尊天皇以幕府推行维新)。但随着幕府的维新进度缓慢,121代天皇孝明的死亡,122代天皇睦仁的上位,两者都为倒幕派了。
长州藩掌陆军,萨摩藩掌海军,维新后日本开始了藩阀政治。