胞囊也称包囊，是指低等植物（如分裂菌、硅藻、绿藻等）和原生动物（如痢疾内变形虫等）在休止状态或外界环境条件改变时，身体外围分泌一种蛋白质的膜，以度过恶劣环境。后生动物如某些原环虫，也能形成胞囊，度过干、寒等逆境。
在正常的环境条件下，所有的原生动物都各自保持自己的形态特征。
若环境条件变坏，如水干涸、水温和pH过高或过低，溶解氧不足，缺乏食物或排泄物积累过多，污水中的有机物浓度超过原生动物的适应能力等情况，都可使原生动物不能正常生活而形成胞囊。所以，胞囊是抵抗不良环境的一种休眠体。
胞囊形成过程如下：先是虫体变圆，鞭毛、纤毛或伪足等细胞器缩入体内或消失，细胞水分陆续由伸缩泡排出，虫体缩小，最后伸缩泡消失，分泌一种胶状物质于体表，过一段时间后凝固形成胞壳。
胞壳有两层，外层较厚，表面凸起，内层薄而透明。胞囊很轻易随灰尘飘浮或被其他动物带至他处，胞囊遇到适宜环境其胞壳破裂恢复虫体原形。
