1、吏部
吏部掌管全国官吏的任免、考课、升降、调动等事务。下设四司：明清为文选清吏司、验封司、稽勋司和考功司。司的长官为郎中，副长官为员外郎，其属官有主事，令史，书令史等。文选清吏司掌考文职之品级及开列、考授、拣选、升调、办理月选。验封司掌封爵、世职、恩荫、难荫、请封、捐封等事务。稽勋司掌文职官员守制、终养、办理官员之出继 、入籍、复名复姓等事。考功司掌文职官之处分及议叙，办理京察、大计。
2、户部
户部为掌管户籍财经的机关，长官为户部尚书，曾称地官、大司徒、计相、大司农等。明清时期户部掌全国疆土、田地 、户籍、赋税、俸饷及一切财政事宜。其内部办理政务按地区分工而设司。各司除掌核本省钱粮外，亦兼管其他衙门的部分庶务，职责多有交叉。
3、礼部
南北朝北周始设，隋唐为六部之一，历代相沿。长官为礼部尚书。考吉、嘉、军、宾、凶五礼之用；管理全国学校事务及科举考试及藩属和外国之往来事。礼部下设四司，明清皆为：仪制清吏司，掌嘉礼、军礼及管理学务、科举考试事；祠祭清吏司，掌吉礼、凶礼事务；主客清吏司，掌宾礼及接待外宾事务；精膳清吏司，掌筵飨廪饩牲牢事务。
4、兵部
掌管选用武官及兵籍、军械、军令等。源于三国魏五兵制。曹魏始置五兵（中、外、骑、别、都）尚书，另有有关军事的驾部、车部、库部等曹。各曹设郎。隋始合为兵部，以尚书为主官，侍郎为次官。迄至清末，历代沿袭，职权则不尽相同。宋、辽、金、元兵部不辖兵政。明代兵部尚书号为“本兵”，权最重，凡武卫官军选授简练，均为其掌。
5、刑部
隋文帝定六部制度，初沿北齐置都官，主官为尚书；次官，炀帝定为侍郎。后代均以刑部掌法律刑狱，大理寺并列。明清两代，刑部作为主管全国刑罚政令及审核刑名的机构，与督察院管稽察、大理寺掌重大案件的最后审理和复核，共为“三法司制”。刑部的具体职掌是：审定各种法律，复核各地送部的刑名案件，会同九卿审理“监候”的死刑案件以及直接审理京畿地区的待罪以上案件。
6、工部
工部是掌管营造工程事项的机关，六部之一，长官为工部尚书，曾称冬官、大司空等。工部起源于周代官制中的冬官，汉成帝置尚书五人，其三曰民曹。后汉以民曹兼主缮修、功作、盐池、园苑之事。西晋以后置田曹掌屯田，又有起部掌工程，水部掌航政及水利。后周依《周官》，置冬官府，长官为大司空。隋代开皇二年始设立工部，掌管各项工程、工匠、屯田、水利。
