一、性质不同
1、封建专制制度：指以统治者单方面的利益为目的的制度，与共和制对立。
2、封建君主专制制度：国家最高权在实际上或名义上掌握在君主个人手中，君主终身任职并且实行世袭的政权组织形式。
二、作用不同
1、封建专制制度：专制主义中央集权的制度在中国延续两千多年，对于中国统一多民族国家的形成与发展，国体与政体，官僚政治与行政管理，以至文化教育都产生了深远的影响。
2、封建君主专制制度：向丞相，宰相夺权，削弱他们的权利，集中在皇帝手中。
三、特点不同
1、封建专制制度：专制制度和共和制度不是绝对的，可以相互转化。
2、封建君主专制制度：中央集权加强，君权强化。
