云南共有有寻甸回族彝族自治县、巍山彝族回族自治县两个回族自治县。
寻甸回族彝族自治县（简称寻甸县），云南省昆明市辖县。地处云南省东北部， 是滇东北之要冲，贵昆铁路，昆曲、嵩待高速公路从县内经过，境内乡乡通了油路，交通比较便捷。全县辖1个街道办事处、7个镇、6个乡，常住人口45.7万人（2010年），居住着汉、回、彝、苗等16种民族，少数民族人口11万人，占21.8%。县人民政府驻仁德街道。
巍山彝族回族自治县（简称巍山县）位于云南省西部，在大理白族自治州南部。县城东距省会昆明市391千米，北距州府大理市53千米。巍山县境内主要景点有：巍宝山道教宫观古建筑群、巍宝山长春洞古建筑、山龙山与图山南诏都城遗址等。
