文史专家苏洪泉在《江宁县志》中找到了关于花神庙的记载，县志说花神庙建于清乾隆年间，占地约5亩，庙内有一间大殿和10多间配殿，供奉着花神百余尊，主供三头六臂的善事菩萨。在庙门外的广场上建有城南最气派的“凤凰大戏台”，每年农历二月十二日百花生日那天，要在这里唱戏三天。戏台后有两口水井，每当唱戏时水面反射和井口共鸣使得演员的声音特别好听，当时被称为“双井衬音”。花神庙还有二月十二目的百花生日和九月十六日的菊花生日。这两天，花农们都纷纷前来敬香拜佛，祈祷花神保佑人花两旺。
从朱元璋为他们的先辈指定种花的任务起，花神庙村的村民们就世代以养花为生。花神庙向以培植白兰、茉莉、珠兰、栀子、代代五种传统香花为著名，还出了芮、徐、毛、翟、尹、夏、王、李八大花农世家。
后来虽然种出的花不能供应到皇宫去了，花神庙村的花农们却在南京城打响了品牌，清朝时期南京城兴起用香花熏制茶叶，城里面的姑娘也以在发辫上插一朵花神庙的香花为时尚。民国时期花神庙的鲜花依然很有名气。后来1952年抗美援朝时期，花神庙的花农还捐款购买了一架飞机支援前线。
有着150多年历史的南京老字号“清真马祥兴菜馆”就是发迹于花神庙。
“马祥兴菜馆”的创始人是马思发，清咸丰年间马思发从河南孟县逃荒来到南京，初来南京无以为生于是在花神庙的路旁摆了一个地摊，地摊专卖一些粥之类食品，他的顾客多是清晨进城卖花的花农。当时太平军的士兵也常到他的摊点吃粥，马思发的粥摊被称为“马回回饭摊”。
马思发去世后，他的儿子马盛祥继承父业，经营多年有了积蓄后就开了一家菜馆，取名马祥兴。辛亥革命后，马祥兴菜馆迁到中华门外米市大街，后来迁到鼓楼，2003年又迁到云南路现址。
从成为皇家御花园那天起，花神庙就与花结下了不解之缘，五颜六色争奇斗艳的鲜花除了为花农们换来收入，也使得这一带成了远近闻名的景点。虽然花神庙村没有了，花神庙村种植鲜花的传统还是被一些人保留了下来，而且有些人开始公司化运作，一家家园艺公司、花卉苗木公司在继续着600多年的祖业。这里很多人是世代种植鲜花的，如今不少人都有自己的花卉基地，还在安德门等花卉市场有自己的店面，“一说是花神庙的花，好多人都买，花神庙也是一个牌子。”他们的鲜花除了供应南京市场外，周边一些省市也来批发。
