一、定义不同：
事业单位是指由政府利用国有资产设立的，从事教育、科技、文化、卫生等活动的社会服务组织;国企是指国务院和地方人民政府分别代表国家履行出资人职责的国有独资企业、国有独资公司以及国有资本控股公司。
二、控制权不同：
事业单位接受政府领导，是表现形式为组织或机构的法人实体;国有企业由国家对其资本拥有所有权或者控制权，政府的意志和利益决定了国有企业的行为。国有企业是国民经济发展的中坚力量，是中国特色社会主义支柱。
三、编制不同：
行政机关使用的是行政编，即公务员编制，部分工勤人员设行政工勤编制。事业单位统一使用事业编制，但分管理、专技和工勤三种岗位。国企没有编制之说，但实际上套用行政模式管理，如公务员一样也比照设置职级报备上级主管部门或国资委。
