公鼠和母鼠的分辨方法主要是通过其肛门和生殖器的距离来判断的。辨别性别就得看生殖器距离肛门的远近，公的，离得远，母的，离得近。而且公的在腹部还有香线，很好辨认的。
1、母的
无论是侏儒仓鼠还是熊类仓鼠，5-17天左右，可以用是否能看见乳头分辨仓鼠性别，能看见乳头的就是母仓鼠。肛门上方一公分没有明显之突起生殖器，因阴道与尿道很接近。
2、公的
无论是侏儒仓鼠还是熊类仓鼠，5-17天左右，可以用是否能看见乳头来分辨仓鼠性别。不能看见乳头的是公仓鼠。有睾丸( 肛门下有红红的两粒、有垂屁股特征，肛门上方约1~2公分(成鼠40天大)有突起之生殖器(阴茎)。屁股尖尖的，呈倒三角形的是公的。
