水培育苗盆的使用方法非常简单，在挑选育苗盆时，就要选用穴盘深一点的，具有足够空间的类型。经过消毒杀菌后再使用，以免造成病菌虫害的污染。可在育苗盆中添加蛭石，在培养种球类型的植物时，种球上方的部位不可入水。
1、准备育苗盆

水培育苗盆内的穴盘如果很小，那么对于育苗环境内的湿度、养分、氧气、酸碱度等变化就特别敏感。因此要使用穴坑稍微深一点的，这样的育苗盆在进行水培育苗的过程中比较实用，而且操作起来更为安全方便。
2、消毒后使用

水培育苗盆之中的空间比较小，已经水培栽植过一季的育苗盆，就要经过清洗、消毒杀菌后再使用。建议用安全的季铵盐类消毒剂清洗，漂白粉或者氯气消毒杀菌会造成化学反应，形成有毒有害物质，对水培植物的健康造成负面影响。
3、育苗基质
一般会在水培育苗盘上铺上经过2天暴晒过后的蛭石，将蛭石压平后作为底部基质，搭建成一个类似5~10毫米的坑穴环境，再将苗株水培到其中，这样苗株的发育能够有定植能力，不会随意倾倒完全没入水中。
4、依情况而变

水培育苗盆常用于水培水仙花等有种球的植物品种，这些种球类植物在水培时，种球可以没入水中，但种球上方的茎枝等，就要暴露在空气中才行，不然植株呼吸作用下降，水培育苗盆的作用也起不到效果。
