一、外形不同：
形体差别才是最大的差别，但是也要仔细观察，有些人观察不细致，大体一看都一样。大黄花鱼体型长，腹部呈金黄色，头呈钝尖形，尾柄细长，长度是高度的3倍左右，臀鳍鳍条数为7~9条，一般情况下是8条，鳞片较小；而小黄花鱼体型要小，尾柄相对粗短，一般是高度的2倍左右，臀鳍数要比大黄花鱼多，一般是9~10条，通常为9条，而鳞片通常较大。
二、分布海域不同：
其实大黄花鱼的主要分布海域是南海和东海的中部以南海域；而小黄鱼主要分布在渤海、黄海、东海和朝鲜西南海岸线。
三、营养作用不同：
大黄花鱼肉质较好而且美味，一般用作食材，偶尔会用作药材；而小黄鱼不但营养丰富，而且还含有许多的微量元素，例如钙、磷、铁、钾、钠、镁、硒等，要比大黄鱼营养丰富，而且还可以入药，有很高的药用价值。
四、烹饪方法不同：
大黄鱼由于体型较大，所以适用于做饺子馅料，亦可以红烧、清炖；而小黄花鱼由于体型较小，所以通常炸制比较多
