秦始皇焚书坑儒最早的出处源自《史记》，《史记·儒林列传》的说法是“及至秦之季世，焚诗书，坑术士，六艺从此缺焉”。请注意，此时司马迁的说法是始皇帝焚烧的是诗书之类的书籍，坑杀的是“术士”，而不是儒生。
而让秦始皇焚书坑儒的残暴形象逐渐鲜明、呼之欲出的，是与司马迁同时代的孔安国。孔安国是孔子的后代，作为孔门嫡传子弟，孔安国也是一位儒门的老学究。孔安国在《〈尚书〉序》中言道：“及秦始皇灭先代典籍，焚书坑儒，天下学士逃难解散。”
孔安国很明确地指控秦始皇将“先代典籍”都灭掉了，且焚书坑儒。因为孔老学究在儒门强大的影响力，秦始皇焚书坑儒的残暴行径在儒家子弟中深入人心。而汉武帝后，又是独尊儒术，儒家一家独大，所以秦始皇焚书坑儒的历史也就通过天下读书人的悠悠之口给坐实了。
那么秦始皇焚书坑儒的真相究竟如何？司马迁在《史记》中其实早已经记载了秦始皇焚书坑儒的前因后果。
首先焚书坑儒不是一个事件，而是分为焚书、坑儒两个事件。
先说这个“焚书”事件，其实是一次拍马屁引起的。话说秦始皇有一次在咸阳宫中摆酒请客吃饭，请的都是一些有学问的人。席间有一个叫周青臣的人就开始拍马屁，就“进颂曰：“他时秦地不过千里，赖陛下（秦始皇）神灵明圣，平定海内，放逐蛮夷，日月所照，莫不宾服。以诸侯为郡县，人人自安乐，无战争之患，传之万世。自上古不及陛下威德。」””
周青臣一顿彩虹屁拍下来，把秦始皇拍得很开心。说秦始皇“神灵明圣。。。自上古不及陛下威德。”秦始皇能不开心吗？于是“始皇悦”。
眼看着周青臣在秦始皇面前大出风头，就有人看不过去了。心想这风头不应该我来出吗？可周青臣已经出了风头，那怎么办呢？那就拆台呗。文人之间拆台那是拿手绝活啊。
于是就有一个叫作淳于越的人跳了出来，准备拆台。既然是拆台，那就应该批驳周青臣的话啊，可周青臣说秦始皇“神灵明圣。。。自上古不及陛下威德。”这他喵的没法批驳呀。要是在这个歌颂秦始皇的话语上跟周青臣唱反调，不是找死吗？可淳于越不愧是有学问的文人，他早就盯上了周青臣的一个论点，周青臣的彩虹屁中说“以诸侯为郡县，人人自安乐，无战争之患，传之万世。”
哼！看我淳于越来批得你体无完肤、万劫不复。于是淳于越进言道：“臣闻殷周之王千馀岁，封子弟功臣，自为枝辅。今陛下有海内，而子弟为匹夫，卒有田常、六卿之臣，无辅拂，何以相救哉？事不师古而能长久者，非所闻也。今青臣又面谀以重陛下之过，非忠臣。”
什么意思呢？淳于越这是在借古讽今，说殷商和周朝之所以朝代长久，是因为将皇家子弟分封在全国各地，这样全国各地就都是皇帝家的人了。即使有什么事情，一家人可以互相帮助。这样朝代自然可以长久。而如今皇帝陛下不搞分封制度，而是在全国各地设立郡县，这怎么能行呢？最后还加了一句相声界惯用的过渡语句：没听说过！
淳于越说搞郡县制没听说过，其实是为了攻击刚才大出风头的周青臣，果然，淳于越的结束语来了，淳于越总结道：“今青臣又面谀以重陛下之过，非忠臣。”
这淳于越真是个书呆子，皇帝请你喝酒你就痛痛快快地喝酒呗。看着别人大出风头你心里不爽，无非喝点闷酒呗。非要站出来拆台。说周青臣“非忠臣”。关键是光想着找茬攻击周青臣，结果却是找秦始皇的茬，说搞郡县制没听说过，而周青臣面谀以重陛下之过。不就是说搞郡县制是秦始皇的过错吗？
这下把秦始皇惹毛了，请你喝酒你就老老实实喝酒呗，不会周青臣那样的彩虹屁还多什么话呀。这他喵的说得什么玩意儿！敢情老子请你来喝酒，是听你来哔哔老子的过错的？于是“始皇下其议。”
一旁的李斯察言观色，这个官场老油条一看秦始皇不开心了，就想着要让秦始皇出了这一口胸中恶气。于是李斯进言道：“今陛下创大业，建万世之功，固非愚儒所知。。。今天下已定，法令出一。。。今诸生不师今而学古，以非当世，惑乱黔首。”
李斯先将彩虹屁拍好：“今陛下创大业，建万世之功”。接着开始批判淳于越：淳于越这样的腐儒懂什么？（“固非愚儒所知”），这个老匹夫就只会借古讽今，这样下去准会惑乱天下百姓。
李斯一顿义正言辞下来，终于抛出了那个让秦始皇背锅二千余年的建议。
丞相臣斯昧死言：“臣请史官非秦记皆烧之。非博士官所职，天下敢有藏诗、书、百家语者，悉诣守、尉杂烧之。。。所不去者，医药卜筮种树之书。若欲有学法令，以吏为师。”
李斯认为流传在民间的诗书一类的书籍，只会混乱百姓的思想，那就应该全部灭掉。也难为李斯这样的官场老油条在短短时间内炮制出这样一个让秦始皇出气的建议了。秦始皇着实是出了一口恶气。很干脆地同意了李斯的建议。（制曰：可。）
从《史记》中的记载来看，秦始皇烧的只是民间（非博士官所职）的藏书，官方是有保存相关的书籍的。而且秦始皇烧的也不是所有的先代典籍，而是容易混乱百姓思想的相关书籍（诗、书、百家语者）。对于一些实用性的书籍诸如医药卜筮种树之书，是区别对待的。并没有焚烧。
所以后世中也有不少人给出了公允的评价。
东汉的王充就说：秦虽无道，不燔诸子，诸子尺书，文篇具在。
宋代的朱熹也是一样的观点：秦焚书也只是教天下焚之，他朝廷依旧留得；如说“非秦记及博士所掌者，尽焚之”，则六经之类，他依旧留得，但天下人无有。
说白了，秦始皇焚书事件，其实是一场秦统一天下后的统一思想的运动。一个大一统的王朝已经建立，新的时代已经不再需要春秋战国时那样的百家争鸣了。
至于坑儒事件，《史记》中记载得也很为明确。就是有几个秦始皇信任的方士，没有帮秦始皇找到长生不死药，跑了。秦始皇大怒：他喵的！老子要钱给钱，要人给人，结果不给老子好好打工，跑了不算，还整天带节奏，搞得一帮人都在说我坏话。真当老子脾气好，是吃素的？
秦始皇当了冤大头，自然很是愤怒。于是抓了其中一些人，很是干脆利落地干掉了。（乃自除犯禁者四百六十馀人，皆阬之咸阳，使天下知之，以惩后。）
所以秦始皇坑杀的，并不都是儒生，而是有不少拿了秦始皇的好处非但不办事而且说风凉话的人，当然其中也许会有一些人有儒生的身份。但更多的应该是方士。
清代学者朱彝尊就说：秦本坑乱道之儒而非圣人之徒。
这大概才是秦始皇焚书坑儒的真相吧。一个雄才大略的君王不至于一统天下后就残暴到要焚尽天下藏书，坑杀天下儒生的。
千百年后，大作家鲁迅先生评价秦始皇焚书事件道：“秦始皇实在冤枉得很，他的吃亏是在二世而亡，一班帮闲们都替新主子去讲他的坏话了。不错，秦始皇烧过书，烧书是为了统一思想。但他没有烧掉农书和医书；他收罗许多别国的“客卿”，并不专重“秦的思想”，倒是博采各种的思想的。”
又有大学问家梁启超先生评价坑儒事件道：“坑儒之事，所坑者咸阳四百余人耳。且祸实肇自方士。。。左道欺罔，邪谄以易富贵，在法宜诛也。。。始皇一坑正可以扫涤恶氛，惩创民蠹，功逾于罪也。”这大概是对千古一帝较为公允的评价了吧。
