结局说的是，SEELE成功实行了“人类补完计划”，第三次冲击被发动，人类全灭，所有灵魂都回归莉莉丝之卵“黑月”。
但在此之后，因为真嗣对莉莉丝说，相对于灵魂大融合后那个“没有互相伤害的世界”，他更喜欢“存在互相伤害但也存在欢乐的更真实的世界”，于是莉莉丝就自毁了，黑月也炸了，里面的灵魂被重新释放了出来。与此同时，灵魂寄宿于初号机里面的真嗣老妈碇唯，控制初号机进行神化，利用EVA量产型的朗基罗斯枪重新赋予了人类“生命”。（朗基罗斯枪是“生命之树”的树枝，其中蕴含着极强大的“生命力”）
所以，虽然旧剧场版最后只看到了真嗣掐着明日香脖子，但人类并没有灭绝
