《风云3》讲述了在风云大战断浪一役之后，转眼十多年间，各大小门派都得到休养生息，有破旧立新，有重振旗鼓，武林的秩序亦有了重新的调整。长江后浪推前浪，正所谓：江山代有才人出，各领风骚数十年。
风云虽然沉寂，但是武林的第二代却正在锋芒渐露：第一个是神锋，他是断浪的儿子，手执东瀛第一神刀惊寂，所使的也东瀛第一刀客皇影的七式刀意。刚从东瀛回到中原，就因他与「不灭蓝门」的少主蓝武长相一模一 样，故被蓝武利用，作为消灭宿敌「胜刀门」门主胜一刀的一颗棋子，神锋天生一颗赤子之心，重情重义，阴差阳错之下反而得到武林帮众的认同与赏识，多番奇遇之后，武功进步神速，逼使蓝武气极之余，千方百计要将神锋置诸死地。
