红/蓝/绿宝石剧情上大同小异在红宝石版中，火岩队是反派组织，水舰队是主角的同伴，蓝宝石版反之。对应的主题神兽不同（红宝石：古拉顿+天空龙；蓝宝石：海皇牙+天空龙）。橡实果、长鼻叶、狡猾天狗、大嘴娃、猫鼬斩、太阳岩、固拉多是红宝石版专有的精灵。莲叶童子、莲帽小童、乐天河童、勾魂眼、饭匙蛇、月石、盖欧卡是蓝宝石版专有的精灵。关于秘密基地的家具，红宝石版可以得到红色帐篷与橡实果玩偶，蓝宝石版可以得到蓝色帐篷与莲叶童子玩偶。绿宝石与红蓝宝石版的不同原作中由豪力帮助玩家搬家的情节修改为过动猿帮助玩家搬家。道馆迷宫重新设计。冠军的房间的颜色将紫色变更为了蓝色。火岩队与水舰队都变为了敌对组织。固拉多与盖欧卡的捕获地点变更，等级提升。将前作的对战塔扩大为新的对战开拓区。新增加与火红叶绿版一致的肚脐岩、诞生之岛、边境的小岛三个地点，这三个地点都是用来捕获传说中的神奇宝贝的地点。改变了小遥和祐树的衣着。将神奇宝贝联盟冠军由大吾替换为前水系道馆训练家米可利，水系道馆训练家则替换为米可利的老师亚当。前神奇宝贝联盟冠军大吾在主角成为新一届冠军后出现在流星瀑布深处，主角可以挑战一次。
