很少有人用底砂过滤，因为缺点太明显，除了看着舒服，作用不大，危害却很多。
底沙，是藏污纳垢的所在。 鱼粪，残饵，死掉的细菌藻类都会沉淀到沙子里面。因为底沙不作为过滤或者过滤作用很小，且中下层基本处于无氧状态，有益菌群不能生存，但是有害的菌群却能繁殖壮大。 最厉害的是，硫化氢的产生，鱼只要被硫化氢所侵袭到，基本没救了。
如果投喂的一旦是活食或下沉饵料，食物会沉淀到沙子里。鱼被迫搅动食物才能进食，食入饵料混有粪便和细小的沙粒、细菌，同时，硫化氢也会吸入体内，这对鱼儿的生长是非常不利而有害的。所以，最好不要用底砂过滤。
