在繁殖期间雄性巧克力娃娃鱼会和其他雄性巧克力娃娃鱼进行打斗，因此在繁殖期间一定要注意分隔喂养，最好是将一公两母巧克力娃娃鱼进行单独喂养，为繁殖做好准备。并且在单独繁殖的缸内，一定要准备莫斯水草等，用于让产出的鱼卵进行附着。
想要单独喂养，我们首先要分清楚巧克力娃娃鱼的雌雄，这一点还是比较好分辨，在雄性巧克力娃娃鱼的腹部，有一条棕色的线，而雌性是没有的，这是外观上比较大的区别。当繁殖季节来临，雄性的巧克力娃娃鱼的这一条线会渐渐变粗，雌性的肚子会变得比平时更圆更大。此时，我们就要开始着手准备分隔喂养了。
在求偶期间，雌雄两只巧克力娃娃鱼会相互依偎，进行求偶动作，然后两只小鱼会开始抖动5到10秒钟，这是在释放精子和卵子，之后这些受精卵就会附着到附着物上，开始进行孵化。
