一、包含的要素不同：BOT模式包含了建设要素、运营要素和移交要素以及项目融资要素；PPP模式包括融资要素、项目产权要素和风险分担要素。
二、组织机构设置不同：BOT模式中政府和企业之间更多的是垂直关系，政府授权私企独立建造和经营设施，而不是与政府合作。而PPP模式中政府和企业都参与了整个过程，双方合作时间长，信息更加对称。
三、两者承担风险不同：BOT模式中是政府授予私企特许经营权，私人企业承担更多的风险；PPP模式可以在项目早期实现风险分配，强调政府和社会资本建立的利益共享、风险分担及长期合作的关系，同时，由于政府分担部分风险，使得风险配置更加合理，降低了承包商和投资者的风险，从而降低了融资难度，提高了项目融资成功的可能性。
四、运行程序不同：BOT模式运行程序包括招投标、成立项目公司、项目融资、项目建设、项目运营管理、项目移交等环节。PPP模式运行程序包括项目识别、项目准备、项目采购、项目执行、项目移交环节。
