黑粉菌目此目真菌的首要特征是形成大量黑色粉状的冬孢子。黑粉菌的冬孢子习惯上称为厚垣孢子，但它与其它真菌的厚垣孢子有本质上的不同，它是有性结合而产生的双核菌丝所形成的孢子，它萌发产生原菌丝和小孢子，即担子和担孢子，而其它真菌中产生的厚垣孢子是一种无性孢子或休眠孢子，萌发后产生芽管，形成营养菌丝体。在生成形式上也有区别，黑粉菌在发育循环中有规律地形成厚垣孢子，其数量很大，肉眼可看到独特的黑粉状物，而其它真菌在某些条件下由菌丝的部分细胞变成厚垣孢子管，一般零散产生，肉眼看不到。
黑粉菌的小孢子是单核单倍的，萌发产生的芽管或者不能侵染寄主，或者虽能侵入寄主但也不能进一步扩展引起病害，只有双核化的菌丝才有侵染致病的能力。双核化的方式主要有两种：一是不同小孢子间先行芽管联合或菌丝联合，从而形成双核菌丝，如小麦腥黑穗病；一是不同小孢子萌发侵入寄主后，在寄主组织内两个单核菌丝结合而形成双核菌丝，如玉米黑粉病菌。双核菌丝在寄主体内的扩展有系统侵染和局部侵染两种方式。小麦腥黑穗、秆黑粉、大麦坚黑穗、谷子和高梁的多种黑穗病及玉米丝黑穗等病害，其病菌从幼苗基部侵入后系统蔓延到寄主生长点，待穗分化后，菌丝体才迅速发育，大量产生厚垣孢子，破坏穗部，形成黑穗，这叫作系统侵染。在玉米黑粉病中，病菌能侵入地上各部幼嫩组织，但只在局部扩展，形成厚垣孢子。水稻粒黑粉病菌由花器侵入，只在局部扩展，产生厚垣孢子，造成粒黑粉，这叫作局部侵染。
黑粉菌有50多属，近千种，都是高等植物的寄生菌，所致病害，造成黑穗的叫黑穗病，危害其它部分的叫黑粉病。黑粉菌寄生性很强，在自然界中并不能长期腐生生存下去，只不过有些黑粉菌的小孢子可以在腐殖质或粪肥汁液中进行芽殖，有些黑粉菌较易进行人工培养，因而通常把它们归于兼性寄生菌，而不算是专性寄生菌。它们的寄主大部分集中于禾本科，所以成为粮食生产的大敌。此外，莎草科、十字花科、百合科、毛茛科中也有不少寄主。
