首先是交通不够发达，虽然防城港市区已通高铁，但是东兴市和上思县还没有通。也没有机场，最近的机场在一百多公里外的北海市。
第二是防城港港口虽然好，可以辐射整个西南地区，但是像四川、重庆这样大需求的省份，货物一般走长江，因为这条路线更加成熟。如果都能走防城港，才不至于让防城港大材小用。
第三是防城港作为一个港口工业城市，只看重工业，不重视旅游业的发展，虽有众多旅游景区，但是缺乏知名度，被北海市甩开了八条街。

不过从卫星图上看，防城港这几年的发展速度也是有目共睹的，但是其他城市也在发展，所以没有意外的话，防城港应该还有很长一段时间是垫底的。
